بیوپرل

بیوپرل[1][2] مجموعه‌ای از افزونه‌های زبان برنامه‌نویسی پرل است که توسعهٔ اسکریپت‌های پرل را برای برنامه‌های بیوانفورماتیک را تسهیل می‌بخشد. این نقش مهمی در در پروژه ژنوم انسان بازی می‌کند.[3]

بیوپرل
انتشار ابتدایی۱۱ ژوئن ۲۰۰۲ (۲۰۰۲-06-۱۱)
انتشار پایدار
1.6.924
۱۰ ژوئیه ۲۰۱۴ (۲۰۱۴-۰۷-10)
انتشار آزمایشی
nightly builds
مخزن
نوشته‌شده باPerl
بن‌سازه رایانشCross-platform
گونهبیوانفورماتیک
پروانهArtistic License and GPL
وبگاه

پس زمینه

بیوپرل یک پروژه نرم‌افزاری متن باز است که توسط بنیاد آزاد انفورماتیک پشتیبانی می‌شود. اولین مجموعه از کدهای پرل از بیوپرل توسط تیم هابرد و جونگ بک از شورای تحقیقاتی پزشکی مرکز کمبریج که در آن اولین تعیین توالی ژنوم توسط فرد سنجر انجام شد شکل گرفت. مرکز شورای تحقیقاتی پزشکی یکی از قطب‌ها و محل‌های تولد بیوانفورماتیک جدید است چنان‌که مقدار زیادی توالی DNA و ساختار سه بعدی پروتئین در آن جا دارد. نام بیوپرل به طور مشترک توسط جونگ بک و استیو برنر در اتاقی کوچک از مرکز مهندسی پروتئین (CPE) از مرکز شورای تحقیقات پزشکی (MRC) که مدیرش آلن فرشت بود ابداع شد. در آن اتاق کوچک، سایرس چوتیا و تیم هابرد با تعدادی از دانشجویان دکترا و همکارانشان کار می‌کردند. تیم هابرد متخصص برنامه نوسی پرل است و از th_llib.pl که که شامل تعداد زیادی زیرروال برای بیوانفورماتیک است استفاده می‌کرد. جونگ بک، اولین دانشجوی دکترای تیم هابرد بود که jong_lib.pl را ساخت. جونگ دو کتابخانهٔ زیرروال پرل را در Boi.pl با هم ادغام کرد. یک روز در ۱۹۹۵، استیو برنر، یک دانشجوی دکترای سایرس چوتیا به آن اتاق سر زد و بر روی آنچه آنها کتابخانهٔ پرل می‌نامند بحث کردند که این بعد از مباحثهٔ طولانی (چند ماه) بر سر اینکه آیا پرل از سی بهتر است بود زیرا استیو برنر کتابخانهٔ سی برای بیوانفورماتیک مختص خودش را داشت. این دو دانشجوی دکترا بعد از گذشتن از نام‌هایی مانند پروتئین پرل، پروتوپرل، بیوپرل و غیره برای زیست‌شناسی بیوپرل نام کتابخانه پرل خالص را گذاشتند. استیو برنر در سال ۱۹۹۵ یک بخش بیوپرل در سیستم‌های هوشمند برای زیست‌شناسی مولکولی (ISMB) کمبریج را سازماندهی کرد اگرچه واقعاً اتفاق نیفتاد. بیوپرل در ماه‌های آینده کاربرانی شامل جورج فیولن که یک دوره آموزشی در آلمان را سازماندهی کرد داشت. همکاران و دانشجویان جورج بیوپرل را بیشتر دادند که این بعداً توسط افراد دیگری مانند استیو چرویتز که به طور فعال کدهایی به زبان پرل برای پایگاه داده ژنوم مخمرش توسعه می‌داد به هم متصل شد. توسعهٔ عمده هنگامی انجام شد که دانشجوی کمبریج دیگری به نام ایوان برنی بعد از مباحثهٔ طولانی دیگری بر سر اینکه آیا پرل در بیوانفورماتیک از سی بهتر است به این واگن پیوست و ایوان و افراد زیاد دیگری در توسعهٔ بیوپرل فعال بودند.

اولین نسخه پایدار در ۱۱ ژوئن ۲۰۰۲بود؛ نسخه‌های اخیر پایدار (از نظر API) نسخهٔ ۱٫۶٫۹ از ۱۴ مارس ۲۰۱۱ است. همچنین تعدادی نسخه‌های توسعه یافته وجود دارند که به صورت دوره‌ای تولید می‌شوند. نسخه سری ۱٫۶٫۰ به عنوان پایدارترین (از نظر اشکل) نسخه بیوپرل است و برای استفاده روزمره توصیه می‌شود، اما نسخه‌های آزمایشی نیز بسیار پایدار و بسیاری از کاربران بیوپرل در حال حاضر بر روی آنها اقامت دارند.

به منظور استفاده از مزیت‌های بیوپرل، کاربر به درک پایه‌ای از زبان برنامه نوسی پرل شامل درکی از اینکه چگونه از ارجاعات، افزونه‌ها، اشیاء و رویه‌های پرل استفاده کنیم نیاز دارد.

امکانات

بیوپرل افزونه‌های نرم‌افزاری ای برای بسیاری از کارهای معمولی برنامه نوسی بیوانفورماتیک فراهم می‌کند. این‌ها شامل موارد زیر اند:

  • دسترسی به دنباله دادهٔ توالی اسید توکلئیک و ساختار ساده ی پروتئین‌ها از پایگاه داده محلی و از راه دور
  • انتقال قالب‌ها از رکوردهای پایگاه داده/فایل
  • دستکاری توالی‌های منفرد
  • جستجوی دنباله‌های یکسان
  • ساخت و دستکاری دنباله ی صف‌ها
  • جستجوی ژن‌ها و دیگر ساختارها در DNA ژنومی
  • توسعهٔ دنباله تفسیرهای خوانا توسط ماشین

کاربرد

علاوه بر استفاده مستقیم توسط کاربرهای نهایی، بیوپرل همچنین پایه‌ای برای گستره وسیعی از ابزارهای بیوانفورماتیک فراهم کرده است که شامل موارد زیر می‌باشد:

  • مرورگر سینتنی[4]
  • ژن کومبر[5]
  • ژنومیک تنظیم مقررات محاسباتی (TFBS)[6]
  • MIMOX[7]
  • تجزیه کننده بیو[8]
  • طراحی آغازگر رو به انحطاط[9]
  • جستار از پایگاه داده عمومی[10]
  • جدول مقایسه‌ای جاری[11]

گاهی ابزارها و الگوریتم‌های جدیدی از توسعه دهندگان خارجی مستقیماً به بیوپرل ادغام می‌شوند:

  • کار با درخت‌های فیلوژنتیک و گونه‌های تو در تو[12]
  • ابزارهای وب FPC[13]

کتابخانه‌های مرتبط در زبان‌های برنامه‌نویسی دیگر

شماری کتابخانه بیوانفورماتیک مرتبط در دیگر زبان‌های برنامه‌نویسی به عنوان بخشی از بنیاد آزاد بیوانفورماتیک پیاده‌سازی شده‌اند که شامل موارد زیر اند:

  • بیوپایتون
  • بیوجاوا
  • بیورابی
  • بیو پی اچ پی
  • بیو جی اس
  • بیو رسانا

منابع
  1. Stajich, J. E.; Block, D.; Boulez, K.; Brenner, S.; Chervitz, S.; Dagdigian, C.; Fuellen, G.; Gilbert, J.; Korf, I. (2002). "The BioPerl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences". Genome Research. 12 (10): 1611–1618. doi:10.1101/gr.361602. PMC 187536. PMID 12368254.
  2. "Archived copy". Archived from the original on 2 February 2007. Retrieved 2007-01-21.
  3. Lincoln Stein (1996). "How Perl saved the human genome project". The Perl Journal. 1 (2). Archived from the original on ۲ فوریه ۲۰۰۷. Retrieved 2009-02-25 (Bioperl.org). Check date values in: |accessdate= (help)Check date values in: |accessdate= (help)
  4. Pan, X.; Stein, L.; Brendel, V. (2005). "SynBrowse: A synteny browser for comparative sequence analysis". Bioinformatics. 21 (17): 3461–3468. doi:10.1093/bioinformatics/bti555. PMID 15994196.
  5. Shah, S. P.; McVicker, G. P.; MacKworth, A. K.; Rogic, S.; Ouellette, B. F. F. (2003). "GeneComber: Combining outputs of gene prediction programs for improved results". Bioinformatics. 19 (10): 1296–1297. doi:10.1093/bioinformatics/btg139. PMID 12835277.
  6. Lenhard, B.; Wasserman, W. W. (2002). "TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis". Bioinformatics. 18 (8): 1135–1136. doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135. PMID 12176838.
  7. Huang, J.; Gutteridge, A.; Honda, W.; Kanehisa, M. (2006). "MIMOX: A web tool for phage display based epitope mapping". BMC Bioinformatics. 7: 451. doi:10.1186/1471-2105-7-451. PMC 1618411. PMID 17038191.
  8. Catanho, M.; Mascarenhas, D.; Degrave, W.; De Miranda, A. B. ?L. (2006). "BioParser". Applied Bioinformatics. 5 (1): 49–53. doi:10.2165/00822942-200605010-00007. PMID 16539538.
  9. Wei, X.; Kuhn, D. N.; Narasimhan, G. (2003). "Degenerate primer design via clustering". Proceedings / IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2: 75–83. PMID 16452781.
  10. Croce, O.; Lamarre, M. L.; Christen, R. (2006). "Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines". BMC Bioinformatics. 7: 45. doi:10.1186/1471-2105-7-45. PMC 1403806. PMID 16441875.
  11. Landsteiner, B. R.; Olson, M. R.; Rutherford, R. (2005). "Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases". Nucleic Acids Research. 33 (Web Server issue): W770–W773. doi:10.1093/nar/gki432. PMC 1160193. PMID 15980582.
  12. Llabrés, M.; Rocha, J.; Rosselló, F.; Valiente, G. (2006). "On the Ancestral Compatibility of Two Phylogenetic Trees with Nested Taxa". Journal of Mathematical Biology. 53 (3): 340–364. doi:10.1007/s00285-006-0011-4. PMID 16823581.
  13. Pampanwar, V.; Engler, F.; Hatfield, J.; Blundy, S.; Gupta, G.; Soderlund, C. (2005). "FPC Web Tools for Rice, Maize, and Distribution". Plant Physiology. 138 (1): 116–126. doi:10.1104/pp.104.056291. PMC 1104167. PMID 15888684.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.