نرم‌افزارهای هم‌ترازسازی توالی

فهرست نرم‌افزارهای هم‌ترازسازی مجموعهٔ نرم‌افزارها و وب‌گاه‌هایی است که در هم‌ترازسازی دوبه‌دو و چندتایی توالی‌ها استفاده می‌شوند.

جستجوی پایگاه داده
نام توضیحات نوع توالی* سازندگان سال
BLAST جستجوی محلی با استفاده از k-tupleهردوAltschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ[1]۱۹۹۰
FASTA جستجوی محلی با استفاده از k-tuple (کندتر اما حساس‌تر از BLAST)هر دو
HMMER جستجوی محلی و سراسری با استفاده از مدلهای مخفی مارکوف (حساس‌تر از PSI-BLAST)هر دوDurbin R, Eddy SR, Krogh A, Mitchison G[2]۱۹۹۸
HH-suite مقایسهٔ دوبه‌دوی مدلهای مخفی مارکوف (بسیار حساس)پروتئینSöding J[3][4]۲۰۰۵/۲۰۱۲
PSI-BLAST جستجوی محلی با استفاده از ماتریس وزن موقعیت خاص (بسیار حساس‌تر از BLAST)پروتئینAltschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ[5]۱۹۹۷

*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید

هم‌ترازسازی دوبه‌دو
نام توضیحاتنوع توالی*نوع هم‌ترازسازی**سازندگانسال
Bioconductor Biostrings::pairwiseAlignment برنامه‌نویسی پویاهردوهردو + پایان-آزادP. Aboyoun۲۰۰۸
BioPerl dpAlign برنامه‌نویسی پویاهردوهردو + پایان-آزادY. M. Chan۲۰۰۳
DNASTAR Lasergene Molecular Biology Suite نرم‌افزار هم‌ترازسازی توالی‌های دی‌ان‌ای، آران‌ای و پروتئین به وسیله الگوریتم‌های هم‌ترازسازی دوبه‌دو و چندتایی شامل MUSCLE, Mauve, MAFFT, Clustal Omega, Jotun Hein, Wilbur-Lipman, Martinez Needleman-Wunsch, Lipman-Pearson و تحلیل DotplotهردوهردوDNASTAR۱۹۹۳–۲۰۱۶
JAligner نرم‌افزار متن‌باز جاوا (زبان برنامه‌نویسی) با استفاده از الگوریتم اسمیت واترمنهردومحلیA. Moustafa۲۰۰۵
PatternHunter تطبیق الگونوکلئوتیدمحلیB. Ma et al.[6][7]۲۰۰۲–۲۰۰۴
YASS تطبیق الگونوکلئوتیدمحلیL. Noe and G. Kucherov[8]۲۰۰۴

*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید **نوع هم‌ترازسازی: محلی یا سراسری

هم‌ترازسازی چندتایی
نام توضیحاتنوع توالی*نوع هم‌ترازسازی**سازندگانسالمجوز
BAli-Phy درخت، احتمال بیضی، تخمین توأمهر دو + کدونسراسریBD Redelings and MA Suchard۲۰۰۵ (آخرین نسخه ۲۰۱۸)الگو:رایگان, GPL
CodonCode Aligner پشتیبانی ClustalW و PHRAPنوکلئوتیدمحلی یا سراسریP. Richterich و همکاران۲۰۰۳ (آخرین نسخه ۲۰۰۹)
Compass مقایسهٔ چند هم‌ترازسازی توالی پروتئین با استفاده از اهمیت آماریProteinGlobalR.I. Sadreyev, و همکاران۲۰۰۹
DECIPHER هم‌ترازسازی پیشرونده-تکرار شوندههردوسراسریErik S. Wright2014رایگان, GPL
MAVID هم‌ترازسازی پیشروندههردوسراسریN. Bray and L. Pachter۲۰۰۴
Stemloc هم‌ترازسازی چندتایی و پیشبینی ساختار دومآران‌ایمحلی یل سراسریI. Holmes۲۰۰۵الگو:رایگان, GPL 3 (parte de DART)
T-Coffee حساس‌تر از هم‌ترازسازی پیشروندههردومحلی یا سراسریC. Notredame et al.۲۰۰۰ (جدیدترین نسخه ۲۰۰۸)الگو:رایگان, GPL 2

*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید. **نوع هم‌ترازسازی: محلی یا سراسری

هم‌ترازسازی توالی کوتاه-خوانش
نام توضیحات گزینهٔ جفت-پایان استفاده از کیفیت FASTQ شکافدار چند-ریسه‌ای مجوز ارجاع سال
BFAST مبادلهٔ صریح دقت و زمان با تخمین دقت از قبل توسط نمایه‌سازی توالی‌های مرجع. فشرده سازی بهینهٔ نمایه‌ها. توانایی رسیدگی به میلیاردها خوانش. توانایی رسیدگی به درج، حذف، SNPها و خطاهای رنگ. انجام کامل الگوریتم اسمیت واترمن آری, ریسه‌های پازیکس الگو:رایگان, GPL [9] ۲۰۰۹
BLAT ساخته شده توسط Jim Kent. توانایی رسیدگی به یک عدم تطابق در مرحله ابتدایی آری, سرویس‌دهنده-کاربر مالکیتی, رایگان‌افزار جهت استفاده غیرتجاری و تحصیلی [10] ۲۰۰۲
Bowtie از یک تبدیل باروز-ویلر برای ساختن یک نمایهٔ دائمی و قابل استفاده مجدد از ژنوم استفاده می‌کند. بیش از ۲۵ میلیون خوانش را در یک ساعت بر حسب زمان پردازنده همتراز می‌کند. ار سیاست‌های همترازسازی همانند Maq و SOAP پشتیبانی می‌کند. آری آری نه آری, ریسه‌های پازیکس الگو:رایگان, Artistic [11] ۲۰۰۹
UGENE واسط بصری برای BWA و Bowtie و یک هم‌ترازساز تعبیه شده آری آری آری آری الگو:رایگان, GPL

منابع
  1. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ; Gish; Miller; Myers; Lipman (October 1990). "Basic local alignment search tool". Journal of Molecular Biology. 215 (3): 403–10. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.
  2. Durbin, Richard; Eddy, Sean R.; Krogh, Anders; Mitchison, Graeme, eds. (1998). Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge, UK: Cambridge University Press. ISBN 978-0-521-62971-3.
  3. Söding J (April 2005). "Protein homology detection by HMM-HMM comparison". Bioinformatics. 21 (7): 951–60. doi:10.1093/bioinformatics/bti125. PMID 15531603.
  4. Remmert, Michael; Biegert, Andreas; Hauser, Andreas; Söding, Johannes (2011-12-25). "HHblits: lightning-fast iterative protein sequence searching by HMM-HMM alignment". Nature Methods. 9 (2): 173–175. doi:10.1038/nmeth.1818. hdl:11858/00-001M-0000-0015-8D56-A. ISSN 1548-7105. PMID 22198341.
  5. Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, et al. (September 1997). "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs". Nucleic Acids Research. 25 (17): 3389–402. doi:10.1093/nar/25.17.3389. PMC 146917. PMID 9254694.
  6. Ma, B.; Tromp, J.; Li, M. (2002). "PatternHunter: faster and more sensitive homology search". Bioinformatics. 18 (3): 440–445. doi:10.1093/bioinformatics/18.3.440. PMID 11934743.
  7. Li, M.; Ma, B.; Kisman, D.; Tromp, J. (2004). "Patternhunter II: highly sensitive and fast homology search". Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2 (3): 417–439. CiteSeerX 10.1.1.1.2393. doi:10.1142/S0219720004000661. PMID 15359419.
  8. Noe L, Kucherov G; Kucherov (2005). "YASS: enhancing the sensitivity of DNA similarity search". Nucleic Acids Research. 33 (suppl_2): W540–W543. doi:10.1093/nar/gki478. PMC 1160238. PMID 15980530.
  9. Homer, Nils; Merriman, Barry; Nelson, Stanley F. (2009). "BFAST: An Alignment Tool for Large Scale Genome Resequencing". PLOS ONE. 4 (11): e7767. doi:10.1371/journal.pone.0007767. PMC 2770639. PMID 19907642.
  10. Kent, W. J. (2002). "BLAT---The BLAST-Like Alignment Tool". Genome Research. 12 (4): 656–664. doi:10.1101/gr.229202. ISSN 1088-9051. PMC 187518. PMID 11932250.
  11. Langmead, Ben; Trapnell, Cole; Pop, Mihai; Salzberg, Steven L (2009). "Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome". Genome Biology. 10 (3): R25. doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25. ISSN 1465-6906. PMC 2690996. PMID 19261174.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.